C первых лет своего существования Институт Микробиологии РАН является ведущим научным учреждением страны в области общей микробиологии и вирусологии – систематики, экологии, генетики и биотехнологии микроорганизмов и вирусов. В течение многих десятилетий здесь работали известные в стране и за рубежом ученые – акад. И.Г. Атабеков, д.б.н. М.Н. Бехтерева, д.б.н. Г.А. Дуда, член-корр. Л.В. Калакуцкий, д.б.н. Ю.Н. Карасевич, д.б.н. Л.Г.Логинова, акад. Г.К. Скрябин, акад. А.С. Хохлов, д.б.н. И.Л. Работнова и многие другие.

Сегодня в Институте 2 отдела и 10 лабораторий, в нем трудятся 117 научных сотрудников. В Институте насчитывается 58 кандидатов и 25 докторов наук, в том числе 3 члена Российской Академии наук, что свидетельствуют о высокой квалификации научного коллектива ИНМИ. О высоком рейтинге Института свидетельствует и существенный аспирантский корпус – численность аспирантов из самых различных ВУЗов России в среднем составляет 20 человек.

Проводя фундаментальные исследования сотрудники Института активно внедряют свои наработки и в биотехнологию – микробиологические методы извлечения драгоценных и полиметаллов из бедных руд, повышения нефтеотдачи пластов, очистки твердых бытовых и промышленных отходов, снижения содержания метана в угольных шахтах, наработки грибных лекарственных препаратов.

Признанием научных заслуг коллектива Института микробиологии РАН явилось решение Президиума РАН от 9 декабря 2003 г. о присвоении Институту микробиологии РАН имени великого российского микробиолога Сергея Николаевича Виноградского.